自从盖塔射线被发现并作为一种重要的能源被广泛使用以来，人类已经经历了大半个世纪，但是，神秘的外星生物入侵者（Invador）自月面开始侵袭地球，人类濒临危机。于是，人们自发制造了大量的超级机器人（super robot）前去应战，终于击退了这些怪物。



　　 　　然而随着早乙女博士被谋杀身亡，世界盖塔射线的研究权威机构——早乙女研究所渐渐被废弃，被怀疑为当年杀害博士的元凶，正是原盖塔队队长——流龙马，如今已经被判处无期徒刑，处于监禁中。曾作为战争中拥有最强大力量的盖塔队也就此解散。



　　 　　某日，原盖塔队成员——巴武藏和车弁庆在运送军方重要物资的时候，于山路上再度遇见了消失多时的Invador，并受到了截击，武藏驾驶盖塔三号机应战，酣战多时，中途却被一巨大的机器人攻击，它全身深红，背后生有恶魔的翅膀，它是弑神者——真盖塔。并不知情的武藏被打成重伤，而真盖塔也同时收拾掉了Invador，强大的力量令人咋舌，而操纵者，竟然是原本应该在3年前死去的早乙女博士。



　　 　　到底是怎么回事呢？Invador侵攻地球的谜团，盖塔射线的秘密，即将要揭晓了。