5年前の恐竜帝国の侵攻は、ゲッターロボの活躍、そして巴武蔵の犠牲によって終結。大打撃を受けた恐竜帝国はマグマ層へと追いやられた。しかし、ゲッターロボの自爆でニューヨークの街を消滅させる程の破壊力に恐れをなした国際社会からの圧力により、早乙女研究所のゲッター線関連の研究、ひいては早乙女研究所自体が活動凍結を余儀なくされる。

　　だが、その一方でゲッターロボのパイロットであった神隼人らは恐竜帝国の復活を予見し、防衛組織「ネーサー」に参加、ゲッター線を使わない新たなゲッターロボ「ネオゲッターロボ」を開発。恐竜帝国の再度の来襲に備えたものの、テスト機でさえパイロットに掛かる負荷が凄まじく乗せたテストパイロットが耐えられないという欠点を抱えており、3人目・ネオゲッター1のパイロットが決まらない。

　　果たして再び姿を現した恐竜帝国。そのメカザウルスが暴れる中、新たなネオゲッター1のパイロット候補として隼人が見出したのが、闇プロレスの覇者・一文字號であった…。