富樫義博が描く大人気コミックを原作とするＴＶアニメーション作品。主人公の少年・ゴンは、ある日、父親ジンの弟子であるというハンター・カイと出会う。そして、死んでいると聞かされていた父が実は超一流のハンターとして生きていることを知る。自分も父親と同じハンターとなることを目指し、旅に出るゴン。ハンターの資格を得るには、ハンター協会が毎年一回開くハンター試験に合格しなければならない。ゴンは旅の途上で知りあったレオリオ、クラピカといった仲間たちとともに、無理難題が山積するハンター試験に挑んでいく。はたして彼らは、見事ハンターとなれるのか、そしてゴンは父親との邂逅を果たすことができるのだろうか。