本故事的时代背景在24世纪。彼时人类在火星上进行行星地球化改造工程，由于两极冰帽融解的水量超乎预期，全星球有90%被海洋覆盖，因而被人称呼为「水星」（AQUA）。在此星球上有个以过去被称为水都的威尼斯为范本所建造的城市新威尼斯（Neo-Venezia），因其仿古的建筑与承袭传统的生活方式而广受观光客喜爱，而其中有一种驾驶小舟穿梭于运河之间，带领观光客游览整座城市的职业，被称为领航员（Undine）。

出身于地球的水无灯里，以成为能独当一面的领航员为目标而来到新威尼斯，目前在艾莉西亚和亚利亚社长的Aria Company中见习。身为半熟手的她，每天都持续练习操控贡多拉及观光导览。《水星领航员》便是在描写灯里以及她身旁的朋友在一年四季中的日常生活点滴。