故・手塚治虫の医療とヒューマンドラマを描いたコミック『ブラック・ジャック』を原作としたTVアニメ。前作が原作に近い1話完結スタイルだったが、今回は新たな設定や新キャラクターを付加し、連続ストーリーとして構成されているのが特徴だ。前作からわずか1ヵ月ほどの間を空けただけの2006年4月からスタートし、9月まで全17話が放映された。物語は、恩師の本間丈太郎医師も関わっていた、謎の組織による不死を実現しようとする「ノワールプロジェクト」を中心に進んでいく。原作にはないスリルとサスペンスに満ちた冒険を、無免許の天才外科医ブラック・ジャックが繰り広げていくことになる。ブラック・ジャックの出生に関するオリジナルエピソードも語られた、まさに21世紀の『ブラック・ジャック』だ。