时为“大海贼时代”。

某天得知故乡“东海”发生危机的草帽海贼团，打算暂时中断冒险返回东海。此时他们看到空中出现一艘莫名的海贼船，由于娜美预测到眼前即将出现暴风雨，并利用从那艘船上丢下来的“音贝”作通知。

暴风雨过后海贼船的主人狮鬼来到千阳号上，表示要运用他的“飘浮果实”能力载鲁夫等人回到东海当作谢礼，令鲁夫等人相当兴奋。谁知途中狮鬼却突然解除了千阳号的浮力，并趁机掳走娜美。原来狮鬼看上了娜美能用身体感知气候的的能力，想让她成为自己海贼团的航海士。

鲁夫等人则跟着千阳号一起从上空坠落到浮游岛“STRONG WORLD”，四处分散的伙伴们被迫与岛上各种进化的凶暴珍兽战斗。

大海贼‘金狮子’狮鬼，其实力跟‘海贼王’哥尔·D·罗杰与‘白胡子’艾德华·纽盖特不相上下，并且从罗杰的时代就掀起大暴乱的传说海贼。二十年前从深海大监狱“推进城”中史上第一次逃狱成功，逃狱后的20年誓言要向全世界复仇的狮鬼，踏出复仇计划的第一步就是摧毁整个东海。

为了保护故乡和伙伴，立志成为“海贼王”的鲁夫与狮鬼展开顶尖对决，到底谁能战胜并称霸这片海洋……