中学二年级的花咲蕾，在搬家的卡车上梦见心之大树被沙漠使徒袭击、Cure Moonlight被击败的场面。从镰仓移居到祖母所在的希望之花市、转入私立明堂学园的蕾希望借着搬家的机会改变内向的自己，却总被我行我素而爱管闲事的同学——来海绘理香牵着鼻子走。在面对新环境而不知所措的蕾面前，曾在梦中看到过的心之大树的妖精，Chypre和Coffret出现了。与此同时沙漠使徒中的一人，蝎子丽娜追赶他们而来，并夺走了绘理香的心之花。为了拯救她，蕾决定变身为Pretty Cure。