故事发生在1999年、长野县松代区一座名为“皆神山”的棱锥型山坡上，有一所私立布鲁德斯泰因学园。在这所学院里经常会发生一些不可思议的怪现象，因此这所学校也被称为「超自然学园」，学园的院长每天都致力于研究超自然现象，以至于他的学生们每天也矜矜业业的在协助着他的研究。

有一天身为学园长的父亲突然亡故，致使他的女儿神代玛雅接管了这所学校，而偏偏这位女儿相当讨厌超自然现象。她碰巧遇到了从2012年穿越而来，自称“时间特工”的原 Spoon乐队的名为内田文明的摇滚少年。为了解开学园里发生的一系列的超自然现象之谜，文明才从2012年穿越回到了1999年……