生活在京都的天童纯是个不太有自信的十五岁男孩。父亲七年之前死于事故，此后纯一直和母亲两个人过日子。这天，纯在放学回家的路上被神秘魔物追赶，危急之中逃入一所古寺，僧人源云救了他。

谁知纯就此被带往时空的彼方…… 恢复意识的纯发现自己竟身处平安时代的京都。纯从贵族那里听说了关于“鬼”的事情。“鬼”使用各种妖术操控自然、危害人们的生活。而穿越时空而来的纯正是能唤醒幻之大蛇、结束纷争的“拯救之神子”。了解到自己的身份之后，纯感到不知所措。

鬼族少女水叶告诉纯，“鬼”并不是恶魔，而是力图与自然共存的人。哪一方说的是真话？我又该守护哪一方？在纯的踌躇矛盾之中，人与鬼的大决战临近了……