经历漫长的战争之后便是极速成长的新时代。为准备中忍考试，佐助的女儿宇智波佐良娜，优秀下忍三月，以及漩涡博人三人，在村子里的练习场进行着各种练习修行。

第一次考试是考验智力，二次考试团则是队合作。不断突破难关的博人他们，终于在第三次考试的个人战格斗场在五影的见证下与鹿丸的儿子对阵。

而正在这时扭曲空间的大爆炸袭来，出现自称大筒木桃式和大筒木金式的二人组，操纵着寄生在双手里的写轮眼的他们一心想要夺取鸣人的性命，最终鸣人被他们带走。

第一次知道父亲走过的路，以及明白了对父亲的思念的博人，将他那幼小的身影与幼时的鸣人重叠的佐助和五影一起，进入有敌人等待的异空间，向敌人发起了有着必死决心的挑战。