「これが、カウントダウン開始の合図だ」第2ウェーブ――“浄化”が始まった。石丸、桜井、岸、甲斐、李……リストの順番通りに殺されていく要人たち。だが、日本政府は断固としてテロリストには屈しない姿勢を貫く。水面下で動く、警察、対亜特選群、自衛隊、米国国防総省、そして、亜人管理委員会役人・戸崎と高校生亜人・永井圭。「第2ウェーブの終了とともに、我々は次のウェーブへとコマを進める。第3――それが、最終ウェーブだ」圭は、亜人である佐藤を無力化するための策を練るが、彼の気付かぬところで計画は綻びを見せ始めていた……。ついに動き出した、亜人過激派集団。史上最悪最凶のテロリスト・佐藤の真の狙いとは――？ 佐藤を止めるのは、誰だ。