2015年。示巴所观测到的未来领域毫无前兆地消失。根据计算，发现——不，是证明了人类将于2017年灭绝。人理延续保障机构·迦勒底将“无法观测的领域”假定为人类灭绝的原因，决定执行尚处于试验阶段的第六实验。那就是回到过去的时间旅行。将术者灵子化送往过去，通过介入事象，寻找出时空奇点，究明真相或予以破坏的禁断的仪式。其名为圣杯探索——冠位指定（Grand Order）。