突然出现在的神祕飞翔体“灾”,压倒了人类的航空战力。 为了与之对抗而开发的,便是对现有机体进行改造,被称为“子体”的兵器。负责操控的则是名为“阿尼玛”的操纵机构。它──竟拥有少女的外表。 与鸣谷慧相遇的是闪耀鲜红光辉的战斗机,以及驾驶它的阿尼玛·格里芬。 作为人类王牌的少女,还有一心向往天空的少年,两人的故事就此展开。