超常能力“個性”を持つ人間が当たり前の世界。憧れのNo.1ヒーロー・オールマイトと出会った“無個性”の少年・緑谷出久、通称「デク」は、その内に秘めるヒーローの資質を見出され、オールマイトから“個性”ワン・フォー・オールを受け継いだ。デクはヒーロー輩出の名門・雄英高校に入学し、“個性”で社会や人々を救ける“ヒーロー”になることを目指して、クラスメイトたちと試練の毎日を過ごしていた。

宿敵オール・フォー・ワンを倒したものの力を使い果たしたオールマイトはプロヒーローを引退。彼の意志を継いだデクは「プロヒーロー仮免許」を取得し、“最高のヒーロー”にまた一歩近づいた。そんな中、デクは雄英ビッグ3のひとりであり、プロヒーローのサー・ナイトアイの下で「インターン活動」をしている3年生・通形ミリオと出会う。

その圧倒的な実力から、デクはプロヒーローの事務所で実際にヒーロー活動を行うインターン活動への意欲を高まらせる。一方、不穏な動きを見せる指定敵＜ヴィラン＞団体・死穢八斎會の若頭オーバーホールが、オール・フォー・ワンの意志を継ぐ敵＜ヴィラン＞連合のリーダー死柄木弔と接触。そして、オーバーホールの傍らには、ひとりの少女の姿があった―。

デクの、ヒーロー候補生たちの、新たな“脅威”との戦い、そして“使命”への挑戦が始まる！！