激戦の果てに静止衛星から放たれたひとすじの光は、ヒロト達が戦い続けてきた「惑星エルドラ」がネットワークゲーム「ガンプラバトル・ネクサスオンライン（ＧＢＮ）」の世界ではなく、現実（リアル）の世界である可能性を突き付けるものであった。その状況に一度は足を止めてしまうビルドダイバーズ。

しかし、共にヒトツメと戦ってきたフレディ達エルドラの民との絆が、ヒロト、カザミ、メイ、パルヴィーズを再び結集させる。未だエルドラに意識を囚われたままのダイバー、シドー・マサキの行方。そしてヒトツメを率いる謎の存在、アルスの正体。なによりも、かけがえのない仲間であるフレディ達を救うため……そう、エルドラにはクリアするべき“ミッション”がまだ残されている。新たにビルドした力（ガンプラ）を手に、もうひとつのビルドダイバーズの真の戦いは、ここから始まる。