总人口230万人,扩展至东京西部的巨大城市。在这座因学生占其人口约八成,而被称为「学园都市」的城市中,扭曲世界法则引发超常现象的力量——超能力的开发正在进行。
接受特殊课程〈Curriculum〉,获得了能力的学生们,通过定期的『身体检查〈System Scan〉』,得到从『无能力者〈Level0〉』到『超能力者〈Level5〉』的6个阶段的评价。
站在其顶点的,是被誉为最强的7人的『超能力者』。
其中的一人,御坂美琴。
作为自由操纵电气的最高位的能力者『电击使〈Electro Master〉』,有着『超电磁炮〈Railgun〉』的别名的她,是名门大小姐学校·常盘台中学的14岁女高中生。后辈『风纪委员〈Judgement〉』白井黒子,憧憬着大小姐的同学初春饰利,以及喜欢都市传说的朋友佐天泪子。
在与这些伙伴们一起度过和平、普通、又稍稍有些变化的学园都市日常生活时,一年一度的大事件正在迫近。
『大霸星祭』。在7天的举办时间中,能力者们以学校为单位展开激战的巨大体育祭。在这期间,学园都市的一部分向公众开放,面对向全世界转播的热闹活动,每个人都很激动。而谁都没有注意到,有什么在这华丽的舞台背后蠢蠢欲动——。