西暦2205年──寿命を迎えつつある母星を離れ、新天地ガルマン星への移住を開始したガミラスの人々。だがその移送が半分も終わらぬうちに、ガミラス星は正体不明の敵の攻撃を受け、無惨にも破壊されてしまった。衝撃で軌道を逸脱した双子星・イスカンダルを牽引し、持ち去ろうと目論む謎の敵――暗黒の大艦隊を率いるデザリアム。生き残った十万人あまりのガミラス人と、イスカンダルに残るスターシャ女王を救出すべく、デスラーはかつての仇敵・宇宙戦艦ヤマトと共にデザリアムに戦いを挑む。

しかし彼らは知らなかった。その先に待つのが勝利でも敗北でもなく、残酷な真実との直面であることを……。