20世纪初，在世界各地突然出现各种各样的怪兽。

人类在最初尝试抵抗，但是在那巨大的力量面前，得出完全驱逐是不可能的结论，于是将所有智慧集中在监视、分析怪兽上。

于是诞生了联合国怪兽监视团（通称：克隆斯）。

以不屈不挠的领袖海堂勇一郎事务局局长为首，怪兽生态学的权威小林丸兆治、怪兽功能分析学的才子克莱尔·科尔曼、怪兽防灾学的异端肯尼御子柴、对怪兽战略学的贵公子尼基塔·塔尔科夫斯基、开拓怪兽语言学之路的新世代皮卡德，以及怪兽生命科学的重量级人物马尔克斯。

怪兽科学的专家们监视分析多达数百只怪兽，继续探索怪兽和人类共同生存的世界。