本作は4月14日に封切られる劇場版「名探偵コナン 黒鉄の魚影（サブマリン）」のキーパーソンとなる灰原哀に焦点を当てた作品。テレビシリーズの人気エピソード「漆黒の特急（ミステリートレイン）」を軸に、その他のエピソードから重要シーンを抜き出して再構成された。黒ずくめの組織で毒薬を開発していた過去、同じ運命を背負ったコナンとの出会い、姉である宮野明美との思い出、現在の灰原と黒ずくめの組織の関係など、「黒鉄の魚影」を観る前に振り返っておきたいエピソードを堪能できる。本編の最後には、本作でしか観ることができない「黒鉄の魚影」に続く新規映像も。