荒涼たる辺境惑星エデンに１台のロケットが降り立った。わけあって地球から逃亡してきたロミ（声：宮沢りえ）と恋人のジョージ（声：窪塚洋介）は、この星を2人の新天地にしようと誓うも、未開の惑星での生活は厳しく、ジョージは井戸掘り中の事故で命を落としてしまい、ロミは一人息子のカインとAIロボットとともに、孤独なサバイバル生活を送ることに。



ロミはカインのために自分の命を少しでも引き延ばすことを決意し、コールドスリープに入る。だが、機械の故障で1300年間も眠り続けることに。ようやく目覚めたロミは、新人類が築いた巨大な町・エデン17の女王となる。 そんなある日、心優しい少年コム（声：吉田帆乃華）は、宮殿で悲しみに暮れる女王ロミと出会う。ロミの望郷の想いを知ったコムは、一緒に地球に行こうと、無謀な挑戦と知りながら、2人で広大な宇宙に飛び出していく。 旅の途上で、地球人の宇宙飛行士・牧村や宇宙のよろず屋・ズダーバン（声：イッセー尾形）、そして人智を超えた未知の生命体の数々との出会いを重ねながら、故郷の地球を目指す。