舞-乙HiME的舞台是以前地球人類移民的行星エアル,以及當時發生的兩大戰爭(十二王戰爭與龍王戰爭)。
某夜,溫德布盧姆王國(風花王國)的風華宮被入侵,國王與王妃被殺害,服侍國王的乙HiME也失蹤了。
14年後,以徒步穿越沙漠的少女愛莉卡・夢宮(亞里香),為了找尋從出生就馬上分離母親而到了風花王國,並帶著母親的信物「蒼天之青玉」來到了世界唯一培養乙HiME的學校加爾迪羅貝學園。
入境後,愛莉卡偶然遇見了加爾德羅貝學園的預科生尼娜・王和風花王國的公主真白・布蘭・杜・溫德布盧姆,3人突然遭遇到黑團所操控的奴獸攻擊,愛莉卡身上的「蒼天之青玉」化解了危機。
愛莉卡想盡辦法入學,終於成為加爾迪羅貝學園的預科生,但過的生活非常苦,有一名匿名的援助著解決了愛莉卡學費的問題,在那之後她不小心與真白闖入了風華宮的地底,發現了古代的超級兵器「古風琴」,緊接著又被黑團的奴獸襲擊,所以真白不得不用「蒼天之青玉」與愛莉卡定下契約,後來以蒼天之青玉的力量打敗了奴獸。
後來愛莉卡潛入真祖所在的靈廟,知道了被藏在華麗的乙HiME歷史背面的黑暗,「作為戰爭兵器分成敵我被迫作戰了的「乙HiME」的話擾亂了,更發現被尼娜的養父謝爾蓋・王吸引的心情,而愛莉卡也開始猶豫了,另一方面真白遇到了日邦國年輕的君主鴇羽巧海頭忠賴,被指出自己沒做到的事,一時放棄了作為女王的責任和義務,但因為想起與愛莉卡的約定,看是愛莉卡先成為最優秀的舞星,還是自己先成為讓大家幸福的女王。
然而阿爾塔公國與黑團進行著計畫,先讓羅繆勒斯和萊姆斯雙方掀起舞星之間的戰鬥,之後又在新風華宮落成儀式時將風華宮動了手腳,畢業紀念舞鬥進行時,黑團的總攻擊開始進行,結果風花王國和加爾迪羅貝學園都落到炎風・戴・阿爾塔(凪・戴・阿爾泰)的手中,並將靜留・維奧拉俘虜,夏樹・庫魯格(奈月・庫魯格)不得已才逃出風花王國,逃跑的愛莉卡被她的好朋友埃爾斯特‧霍所持有的奴獸擋下,那時愛莉卡才知道原來那位匿名援助她的人是謝爾蓋,尼娜的嫉妒之火頓時爆發,和失蹤已久的貴石「漆黑之金剛石」有了反應,和炎颯定下了契約,尼娜攻擊愛莉卡的時候,被埃爾斯特擋下攻擊,但埃爾斯特卻和她的奴獸一起消失了,愛莉卡無法容許殺了埃爾斯特的尼娜,結果互相憎恨……