ARUS大統領とドルシア総統の会合場所では101人評議会というマギウスの集団がおり、アマデウスは彼らへの裏切り行為を指摘され、体を乗っ取られてしまう。同じ頃、モジュール77を巡る戦闘も佳境を迎え、ヴァルヴレイヴIIを奪取したカインらドルシア軍は撤退する。それから2ヶ月後、月に辿り着いたショーコ達は新生ジオール政府を正式に立ち上げ、他国との交渉を始めていたが、社会人として実務経験のない彼女らは、国家の実務関係の権利をことごとくARUSに握られてしまう。それと同時に、ヴァルヴレイヴという強力な兵器を持ちながらも、外交面では弱腰であるという新生ジオールの弱点も明らかとなった。



また、マギウスの発作に苦しむハルトは、「神憑き」の秘密を解くために自ら人体実験を申し出た。その結果、ヴァルヴレイヴの稼動にはルーンが必要であり、それは人間を襲うことでしか効率的な摂取ができないことを知り、エルエルフと「これからはエルエルフだけを襲う」という、定期的なルーン供給のための契約を結ぶ。 その後、エルエルフの提案により、5機のヴァルヴレイヴは新生ジオールの軍事力を世界に見せつけるべく、地球への威力偵察に出発する。その旅には、ヴァルヴレイヴ制作者のジオール人に会い、マギウスの呪いを断ち切る方法を探るという目的もあった。ハルトは自分と同じ「呪い」の犠牲者が出ないよう、目的を果たした後に全てのヴァルヴレイヴを破壊するという強い決意を持って地球へ向かう。



ジオール領へ降下するため、ハルト達は宇宙ステーションで降下用シャトルを借り、ホロリングを使って地球へ降りようとする。しかし、サトミが原因でシャトルの通信周波数をドルシア軍に探知され、降下中に攻撃を受けてしまう。ハルト達は急いで出撃するが、イデアールの改良機と大気圏の摩擦熱による相乗効果で急激にオーバーヒートする状況に苦戦する。ヴァルヴレイヴVIの援護とヴァルヴレイヴIの新装備「インパクト・ブースター」のおかげで敵を撃退するも、彼らを助けるために降下進路上から外れたシャトルは、ドルシア領内へと着陸する。