ARUS大統領とドルシア総統の会合場所では101人評議会というマギウスの集団がおり、アマデウスは彼らへの裏切り行為を指摘され、体を乗っ取られてしまう。同じ頃、モジュール77を巡る戦闘も佳境を迎え、ヴァルヴレイヴIIを奪取したカインらドルシア軍は撤退する。それから2ヶ月後、月に辿り着いたショーコ達は新生ジオール政府を正式に立ち上げ、他国との交渉を始めていたが、社会人として実務経験のない彼女らは、国家の実務関係の権利をことごとくARUSに握られてしまう。それと同時に、ヴァルヴレイヴという強力な兵器を持ちながらも、外交面では弱腰であるという新生ジオールの弱点も明らかとなった。
また、マギウスの発作に苦しむハルトは、「神憑き」の秘密を解くために自ら人体実験を申し出た。その結果、ヴァルヴレイヴの稼動にはルーンが必要であり、それは人間を襲うことでしか効率的な摂取ができないことを知り、エルエルフと「これからはエルエルフだけを襲う」という、定期的なルーン供給のための契約を結ぶ。 その後、エルエルフの提案により、5機のヴァルヴレイヴは新生ジオールの軍事力を世界に見せつけるべく、地球への威力偵察に出発する。 ...