突如出現した人類の敵「ネウロイ」に対抗するべく世界各国が連合軍を組んだ。

ただし、彼らに対抗できるのは特殊な魔力を持った、少女たちだけだった・・・。



遂に連合軍によるベルリン奪還作戦が始動し、 再び結成される第501統合戦闘航空団「ストライクウィッチーズ」

、 新たな501メンバーとして「服部静夏」

も加わり ネウロイとの死闘を繰り広げてゆく！

果たしてベルリンの空を開放する事は出来るのか！？