居住在《关都地区》《真新镇》的主人公小智十分热爱宝可梦。
在十岁生日那天，小智被允许可以以宝可梦训练家的身份踏上旅程，但非常期待旅程到来的他却在出发当天早上睡过了头！
虽然在出发的早上可以挑选同伴宝可梦，但留给小智的只剩下“皮卡丘”！而那皮卡丘也完全和小智熟络不起来，它不愿意进精灵球。虽然小智和皮卡丘之间的相处进行得不顺利，但以某件事为契机，他们终于相互承认对方是自己的同伴。
他们从《关都地区》旅行到《橘子群岛》。然后小智与皮卡丘冒险之旅的舞台又转到《城都地区》。在经过与许多不同的人及宝可梦的不断邂逅与分离后，小智他们在激烈的宝可梦对战中不断成长。