蜂蜜与四叶草讲述美大生─竹本裕太在贫穷与森田忍学长所带来的烦恼之中度过的大学生活。有一天，竹本他们的大学老师花本修司向他们介绍了他的亲戚花本育。竹本裕太对她一见钟情、而古怪的学长森田忍似乎也对她相当在意。然而，森田的爱情表现（特别是最重要的小育）让人无法感受，周遭的人除了森田被小育所讨厌以外什么都不知道。可是、与森田熟识的竹本却注意到了森田真正的心意，才华洋溢的的天才森田学长居然是自己的情敌，这令竹本的心中抹上一股不安。然后，竹本的担忧成了事实。小育和森田互相被对方所吸引，而双方也对此有了自觉。
然而，两人的恋爱却不是一般人所能理解的，是一种天才之间灵魂的结合。小育与森田之间有着似乎名为恋爱的微妙关系，但森田却若有似无的对小育表现出客气的态度。虽然相互受到对方的作品刺激而醉心于创作活动之中，可是某天森田却在没有任何告知的情况下突然开始到美国为期一年的旅行，两人的关系就这样在远近之间不断的来回著。
看着小育与森田这样的关系，竹本却认为不可以介入两人之间而感受到了一种疏离感。而身为小育保护者存在的修司，看中了小育的才华，认为她总有一天一定可以开花结果的，可是又对自己产生疑问：是不是在利用小育去达到自己过去没有达到的理想， ...