在21世紀中葉，聯合國強制性地減少二氧化碳排放水平，以緩和全球暖化危機。 結果，經濟市場轉移到碳貿易。後來，一次巨大地震毀壞了日本關東地區，在無法繳付碳稅的情況下，只好把東京變成吸收二氧化碳、全世界最大的「密林區」。與此同時，阿特拉斯（アトラス）計劃則開始重建東京和監督政府組織，反政府組織METAL AGE（メタル・エイジ）則由於它壓迫自然環境而反對。然而，阿特拉斯只能容納350萬人，并且多數人民不允許移居進去，只能在地上以難民的日子苟延殘喘。故事則圍繞一名18歲的少女北条國子而展開。