人気ＳＦアクション“マクロス”シリーズの１本で2008年に放映された TVアニメ「マクロスＦ（フロンティア）」の劇場版２部作の完結編。西暦2059年。未知なる重機甲生命体“バジュラ”の襲撃を受けた銀河移民船団“マクロス・フロンティア”だったが、大きな犠牲を払いながらも、なんとかその撃退に成功する。
それから数ヵ月。スターの道を駆け上がるランカ・リーと、病に冒され死の予感に苦悩を深めるシェリル・ノーム。そんな２人の歌姫との交流を持ちながら、バルキリー・パイロットとして成長していく早乙女アルトだったが…