石ノ森章太郎の代表作『サイボーグ009』を、「攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX」「東のエデン」の神山健治監督が自ら脚本も手がけて映画化した長編アニメーション。2013年の現代。ロンドン、モスクワ、ベルリン、ニューヨークはじめ、大都市の超高層ビルが次々と爆破テロで崩壊する。かつて世界の危機を何度も救ってきた９人のサイボーグ戦士たち。今はそれぞれの故国に戻り、別々に活動していた彼らが、この未曾有の危機を前に再び生みの親ギルモア博士のもとに呼び戻されようとしていた。ところが最強のリーダー、００９こと島村ジョーは、過去の記憶を消して高校生としての生活を送っていた。