公元2029年3月，日本总理大臣暗杀事件出现。在闻所未闻的恐怖袭击中，草薙素子曾从属的“501机关”的上司库露兹也成为了被害者。——战后最凶恶的事件爆发，素子等人立刻开始搜査。
随着调查深入，素子开始追查犯人头目，为此，她召集曾合作过的能人异士。这些人大多从未有过团队合作的经验，因此最初并不顺利，但即使如此，大家也一点点揭示出事件的真相。
在大使馆中发生的人质事件、总理大臣暗杀事件的背后，他们发现了一种特殊的电脑病毒“fire starter”，随后大家发现，
这件事与素子诞生的秘密有关……
当理解恐怖事件的全貌之时，素子等“怪人集团”也陷入危机，渐渐走入绝境，此时素子向大家下令：“听从自己的GHOST”。
这便是后来以“STAND ALONE TEAM”闻名的“攻壳机动队”诞生的故事。