首都・東京で頻発する謎の現象“フェノメノン”。事態に対抗するため、メンバー全員が特殊能力を持った少女という“トライナリー”が結成された。少女たちは、妖精のごとき姿をした存在“クラン”とコネクトすることによって強力な戦士となり、人の心の暴走が生み出すというフェノメノンの中に侵入してその世界を支配する“クラン”との戦いを繰り広げる。少女たちは戦いの中で、人の、そして自分の心と向き合うことになる。