伝説。神話。魔法――。科学の発展とともに忘れ去られた、もう一つの世界と、人類はついに邂逅を果たす。だが、その再会は幸福なものではなかった。
地冥界より侵攻する化け物は、現用兵器の多くを無効化し、人類の運命は風前の灯火と思われた。
だが同じく地冥界に苦しめられていた、精霊環境条約機構の助けにより、人類は起死回生の一手を手にする。魔法少女である。
強大な魔力を手にした少女たちは、心身に多くの傷を負いながらも、人類を勝利に導き、ついに大戦を終結させる。
しかし、それさえも、新たな戦いの始まりに過ぎなかった。国際犯罪、無差別テロ、内戦、紛争……。
魔法少女の戦いは終わらない――