世代を経るごとに深く混ざりあった“個性”が人類史を終焉に導くとする思想≪個性終末論≫を掲げ、“個性”を「病」と称しながら、世界中の“個性”保持者の殲滅を目論む謎の集団・ヒューマライズ。
彼らが世界各国に仕掛けた、“個性”を強制的に暴走させ崩壊に導く爆弾＜個性因子誘発爆弾イディオトリガーボム＞から人々を救うため、全世界のプロヒーローと、その下でインターン中だった雄英高校ヒーロー科が招集され、世界選抜ヒーローチームが結成。各地で爆弾の回収任務にあたっていた。
エンデヴァー事務所でインターン中だった出久・爆豪・轟の３人も、日本から遠く離れた国＜オセオン＞で作戦行動中、とある事件に巻き込まれた出久が、なんと全国指名手配されてしまう。
そんな中、ヒューマライズからの犯行声明が全世界に届く――
「タイムリミットは今から２時間」
ヒロアカ史上最大の危機を前に、世界の、そしてヒーロー達の未来が、“彼ら”に託された――