世界中で地球人の大量消滅事件が発生──。レナと進次郎も、同時に消失してしまう。
そんな中、フリージャーナリストの東光太郎は恋人のイズミとともに「消失事件」の謎を追い始める。
異星人の正体はテロ組織「暗黒の星」。彼らは世界に向けて声明を出す。
「人類の半分を消滅させるか、地球の半分を割譲するか……どちらかを選べ」
その頃、消えた進次郎とレナは衛星軌道の異星人の船に転送されていた。
「暗黒の星」と科特隊の闘いに巻き込まれ、知りすぎた光太郎は、命を失いそうになるが……。
決戦の相手は巨大兵器「黄金の城塞」。街を破壊し尽くす巨大メカを相手に、ULTRAMAN、セブン、タロウに加え、ゾフィー・ジャック・エースも参戦。
ついにULTRAMAN6ヒーローが集結する！