最後の夏。友達。そして怪獣——。
1989年夏、小学６年生のボコ、ジョー、ジュンイチは、
小学生最後の夏休みを迎えていた。
それぞれの心にある、将来に対する漠然とした不安。
そんな３人の前に、在日米軍司令官の息子、ブロディが現れた。
3人で貯めた現金をうばっていくブロディ。
怒ったボコたちは、お金を取り返すための作戦を計画する。
その作戦を実行しようとした時、町に危機が訪れる。
怪獣ギャオスが突如、東京に襲来したのだ。
ギャオスによって廃墟となった町に立ちすくむ４人。
ギャオスが彼らに狙いを定めた時、巨大な怪獣が現れる。
その名はガメラ。
これが4人の「怪獣の夏」の始まりだった。
次々と現れる怪獣。傷つきながらも戦うガメラ。
そして少年たちは伝説を目撃する。