在第一季的结尾，小队成员“准星”因理念不同与小队分离，在第二季中，卡米诺事件已经过去了几个月，在银河共和国垮台后，新成立的银河帝国也开始了残暴的统治。99号克隆人部队（异等小队）在“猎人”的带领下将继续为自由而战，他们与曾经的战友“准星”重聚，在危险的征途上遇到新的朋友和敌人，他们要在变幻莫测的星系中奋力寻求谋生之路，同时帕尔帕廷皇帝、伍基人绝地冈吉等角色均有出现。