世間を騒がせる怪盗ながら、暗号を織り交ぜた予告状とキザなセリフ、
華麗な手口（ショー）で数々の名宝を盗み出し人気を博す“怪盗キッド”。
そんな神出鬼没の大怪盗が誕生したのは……。
江古田高校2年生、黒羽快斗。
ある日、自宅にある隠し部屋を見つけ、
世界的マジシャンだった父・黒羽盗一が
実は世間をにぎわせていた〈怪盗キッド〉で、謎の組織に殺害されたことを知る。
真相を探るため、快斗は盗一が遺した衣装を身に纏い
2代目〈怪盗キッド〉となり、盗一が追っていた“伝説のビッグジュエル”
と、
“謎の組織”の正体に迫っていく…。
巧妙な手口で数々の獲物を盗み出すキッドが新たに狙ったのは、伝説のアクアマリン“大海の奇跡（ブルー・ワンダー）”。
キッド獲得に執念を燃やす園子の親戚・鈴木財閥相談役鈴木次郎吉は、ビッグジュエルを使いキッドに挑戦状を送りつけたのだ！
次郎吉の挑戦に乗ったキッドは次郎吉・警察の警備をものともせず、いつものように鮮やかに盗み出すはずだったが、
トリックを解き明かそうとコナンの名推理がはじまった！ ...